Les cobayes de la CIA est un film historique, accusateur, et documenté sur la face occulte de ce qui s’est passé dans les années 50, 60 et 70 aux Etats-Unis. Sous prétexte de recherches sur le cerveau humain, des dizaines de milliers de personnes vont servir de cobayes non volontaires et devenir des rats de laboratoires au service d’un programme de recherche top secret de la CIA. Ces cobayes étaient recrutés parmi les indigents, les déshérités, dans les prisons, les hôpitaux, les casernes et même les orphelinats. But de la manœuvre : effacer la mémoire, trouver un moyen pour faire avouer un ennemi, fabriquer une machine humaine prête à tuer contre son gré. Avec un cynisme froid et une volonté sans limite, dans une ambiance de guerre froide, les américains ont tout tenté pour trouver  » l’arme parfaite  » qui permettrait d’asservir des individus ou des populations entières. Cette course à l’arme idéale a ainsi mené à des manipulations folles et terrifiantes afin de s’assurer la suprématie sur les autres pays du monde. À l’aide d’images d’archives fortes, de témoignages de survivants, de documents secrets déclassifiés ou encore d’interviews de membres retraités de la CIA ou de l’armée, le documentaire montre d’une façon rigoureuse comment la CIA a mis en place une politique de la terreur, en se servant avant tout du LSD, qui semblait la drogue la plus  » prometteuse « , mais aussi des électrochocs, des lobotomies, de l’hypnose… Tout citoyen pouvait un jour se retrouver  » cobaye  » non volontaire de la CIA. Ce documentaire démontre l’implication forte des services américains pour infiltrer, financer et recruter des chimistes qui étaient pour la plupart de brillants éléments de la société civile. Il montre enfin comment les hommes de la CIA et de l’armée ont pu agir sans aucune considération pour la vie d’autrui.